Более подробно:
1) Создать документ группировки документов по складам
2) Создать документ по каждому складу с реальными остатками и сохранить их в документ группировки по складам.
3) Провести документ группировки по складам.
П.С. Останется только товар на складах, который указан в каждом документе по складу.
Более подробно:
Добавлен новый документ "Акт инвентаризации (новый)". Причиной этому было то, что старый Акт был реализован не совсем верно, например при внесении в Акт номенклатуры товара и при создании "Акта списания" не списывался товар, который не был внесён в Акт. В новом Акте весь товар не внесённый в документы по складам списывается! Даже более того, создаётся ахивная база данных с данными "до инвентаризации", а в новой базе (рабочей) все старые данные чистятся - так как это реализовано в большинстве супермаркеторв Российской Федерации и Украины!
Находится в вкладке Журналы:
Структура Инвентаризации такая:
1. Создаётся "Группировка Актов Инвентаризации", то есть это документ, который объединяет "Акты Инвентаризации" по складам. Желательно один Акт - один склад, но можно и несколько документов для одного склада.

2. Добавляете в Группировку Акты по складам.
После внесения
всех реальных остатков по всем складам можно
провести Группировку Актов Инвентаризаци. Проведение Группировки должно происходить в монопольном режиме, то есть все сотрудники должны выйти из сервиса, т.к. будет создана копия Вашей Базы Данных и создана новая с новыми остатками. Так же рекомендуем провести все документы или удалить не проведённые.
В отчетах появился выбор Базы данных с которой надо сделать выборку данных, пример:
Более подробно можно прочитать о работе акте инвентаризации
в старом Акте инвентаризации